壁|￢｀）

追記： 1/18時点で、3.21パッチのパス問題は修正されているようです。

【重要】 Movable Type 新バージョンとパッチの提供について
http://www.sixapart.jp/movabletype/news/2008/01/15-1826.html

（前略）
具体的には、ブログ記事 (個別エントリーアーカイブ) テンプレートの内容に、PHP などで処理される前提のコードの記述がある場合、特定の URL でアクセスすると、スクリプトが処理されずそのまま表示されるというものです。

ということで、MTの製品アップデートが出ています。
修正はお早めに。

ということなのですが、記事中MT3.21のパッチのパッケージで置き換えるファイルが

MT_DIR
├─ lib
      ├─ MT
          ├─ Comment.pm

となっています。

が、中に入っているのは、MT::App::Commentsぽいので

MT_DIR
├─ lib
     ├─ MT
          ├─ App
               ├─ Comments.pm

に、置き換えが正解ぽいです。
＃いまだに3.21使っているのもアレでしょうけど。